Lần hiện ra thứ nhất của Chúa trong Phòng Trên chỉ có mười Tông Đồ; Tôma đã không có mặt. Ông không ở đó với các Tông Đồ, nhưng Tin Mừng cho rằng đáng lẽ ra ông cũng phải ở đó với họ. Lý do ông vắng mặt thì không được rõ; nhưng có thể là vì ông không còn gì để tin. Trong ba nơi trong Tin Mừng, Tôma luôn luôn được miêu tả như người có khuynh hướng nhìn phía tiêu cực của vấn đề, đối với cả hiện tại và tương lai. Khi có tin báo cho Chúa biết về cái chết của Lazarô, Tôma muốn đi để cùng chết với ông. Sau này, khi Chúa nói rằng Người sẽ trở về cùng Cha của Người và chuẩn bị một chỗ cho các môn đệ của Người, Tôma trả lời cách đầy than trách là ông chẳng biết là Chúa đi đâu và ông cũng chẳng biết mình đi đâu nữa.
Ngay sau khi các môn đệ khác đã tin về việc Sống Lại và vinh quang của Chúa Cứu Thế, họ báo tin vui cho Tôma về việc Sống Lại đó. Tôma đã không nói là ông không tin, nhưng là ông không thể tin cho đến khi ông có vài chứng cớ rõ ràng về việc Sống Lại, dù họ có làm chứng rằng họ đã trông thấy Chúa Sống Lại. Ông đã nêu lên một số điều kiện cho lòng tin của ông:
"Nếu tôi không thấy dấu đinh ở tay Người, nếu tôi không xỏ ngón tay vào lỗ đinh và không đặt bàn tay vào cạnh sườn Người, tôi chẳng có tin." (Ga 20:25)
Sự khác biệt giữa những người tin và người chưa sẵn sàng để tin có thể được thấy trong việc đón nhận cái mà mười người đã được như họ đã nói với Tôma về sự Sống Lại. Việc ông từ chối tin chứng từ của mười người bạn cùng trong nhóm, những người đã thấy Đức Kitô Phục Sinh bằng chính mắt của họ, đủ chứng minh cho thấy ông là người ngờ vực bi quan đến chừng nào. Tuy nhiên sự ngờ vực của ông không phải là loại ngờ vực phù phiếm coi thường hay là không chấp nhận sự thật; ông chỉ muốn có sự hiểu biết để có đức tin. Nó không giống như người cho mình là khôn muốn có sự hiểu biết để chống lại đức tin. Một cách nào đó, thái độ của ông như là một nhà thần học đòi phải có chứng minh khoa học, một người cổ võ sự hiểu biết và trí tuệ sau khi đã loại đi tất cả mọi hoài nghi.
Đây là đoạn văn duy nhất trong Kinh Thánh có từ ngữ “dấu đinh” được dùng có liên quan đến Đấng Cứu Thế của chúng ta, và nó gợi nhớ lại những lời của thánh vịnh: “Chúng đã chọc thủng tay và chân của Ta.” Cái ngờ vực của Tôma nổi lên, hầu như, từ sự nản lòng và ảnh hưởng của buồn sầu và lẻ loi; vì ông là người đã tách rời các bạn trong nhóm. Đôi khi một người vắng mặt cuộc họp bị mất mát rất nhiều. Nếu cuộc họp đầu tiên ấy có ghi lại biên bản thì họ đã ghi lại những lời thê thảm của Tin Mừng: “Tôma đã vắng mặt.” Ngày Chúa Nhật là ngày thứ Nhất của Thiên Chúa; vì sau tám ngày các Tông Đồ lại họp mặt với nhau lần nữa trong căn Phòng Trên, và Tôma lần này có hiện diện ở đó với họ.
Cánh cửa vẫn còn đóng, Đấng Cứu Thế Phục Sinh hiện ra đứng ở giữa họ và, chào hỏi họ lần thứ ba:
Bình an cho anh em! (Ga 20:19)
Vừa khi nói lời chào bình an, Chúa Cứu Thế đã đi ngay vào vấn đề của bình an, đó là cái chết và Sống Lại của Người. Không có tí dấu gì là giả tạo nơi Chúa cả, cũng giống như không có tí dấu gì là giả tạo đối với lần hiện ra sau này với Phêro bên bờ biển Galilêa. Tôma đã đòi một bằng chứng đặt căn bản trên các giác quan hay các khả năng thuộc thế giới động vật; và một bằng chứng cho các giác quan sẽ được ban cho ông. Chúa nói với Tôma:
Đưa tay ra mà đặt vào cạnh sườn Thầy. Đừng cứng lòng nữa, nhưng hãy tin. (Gio 20:27)
Có lần Người đã nói rằng một giòng giống tội lỗi và ngoại tình tìm dấu chứng, và không có dấu nào được ban cho họ ngoài trừ dấu của tiên tri Jonas. Đây chính là dấu đã được ban cho Tôma. Chúa biết những lời ngờ vực của Tôma đã nói với các môn đệ khác trước đó – lại một chứng cớ cho thấy Chúa thông biết mọi sự. Vết thương bên cạnh sườn của Người chắc chắn phải to lắm, vì Người bảo Tôma hãy xỏ tay của ông vào đó; các vết thương khác trên tay của Người chắc cũng rất lớn, khi Tôma bị thách dùng tay thay vì một ngón tay vào một dấu đinh. Sự nghi ngờ của Tôma lâu hơn những môn đệ khác, và cái ngờ vực đặc biệt của ông cung cấp thêm một bằng chứng cho sự thật về sự Sống Lại.
Có đủ lý do để nghĩ rằng Tôma đã làm điều ông được mời để làm, cũng giống như là có đủ lý do để nghĩ rằng mười môn đệ kia đã làm y như thế vào chiều tối Phục Sinh. Lời Chúa khiển trách Tôma – Đừng nghi ngờ nữa – cũng chứa đựng lời khích lệ để tin và bỏ đi sự buồn nản, là cái tội ông đang cưu mang.
Phaolô đã không bất tuân đối với mạc khải từ trời; Tôma cũng thế. Con người hoài nghi đó đã qúa bị thuyết phục nhờ chứng cớ nhãn tiền khiến ông ngay lập tức trở nên con người sùng bái. Phục cúi mình xuống, ông thưa với Chúa Cứu Thế Phục Sinh:
Lạy Chúa! Thiên Chúa của Con! (Ga 20:28)
Trong một lời nóng bỏng, Tôma đã thu gom tất cả những nghi ngờ trong con người đang buồn sầu chán nản của ông để được chữa lành bởi tất cả ngụ ý chứa đựng trong lời tuyên xưng: “Lạy Chúa, Thiên Chúa của con.” Đó là một sự nhìn nhận rằng Đấng Emmanuel của I-sa-i-a đang đứng trước mặt ông. Ông, người sau cùng, lại là người thứ nhất đã nói lên lời tuyên xưng đức tin và tuyên xưng Thiên Tính của Chúa Cứu Thế. Nhưng, vì lời tuyên xưng đó đến từ chứng cớ bằng thịt và bằng máu, nó không được chúc lành khen ngợi như là đã dành cho Phêrô khi ông nhìn nhận Người là Con Thiên Chúa Hằng Sống. Tuy vậy, Chúa Cứu Thế Phục Sinh đã nói với Tôma:
"Vì đã thấy Thầy, nên anh tin. Phúc thay những người không thấy mà tin!" (Ga 20:29)
Có một số người sẽ không tin khi họ thấy, thí dụ như Pharaon; những người khác chỉ tin khi họ nhìn thấy. Ở trên hai hạng người này Chúa là Thiên Chúa đã xếp những người không thấy mà tin. Noah đã được Thiên Chúa cảnh báo về những điều chưa bao giờ thấy xẩy ra; ông đã tin khi ông chuẩn bị đóng tầu. Abrahm rời bỏ nhà và quê hương xứ sở ra đi mà không biết ông đi đâu, nhưng vẫn tin nơi Thiên Chúa Đấng đã hứa là ông sẽ trở nên cha của một giòng dõi con cháu đông hơn cát biển. Giả như Tôma đã tin vào lời chứng của các môn đệ khác, đức tin vào Đức Kitô của ông có lẽ đã to hơn nhiều; vì Tôma đã thường nghe Chúa nói là Người sẽ chịu đóng đinh và sẽ sống lại. Ông cũng biết từ Thánh Kinh là Đóng Đinh Thập Giá là việc nên trọn lời tiên tri, nhưng ông đã muốn có thêm chứng cớ cho giác quan.
Tôma đã nghĩ rằng ông làm như thế là đúng khi đòi hỏi có đầy đủ chứng cớ của giác quan; nhưng điều gì sẽ giúp cho những thế hệ mai sau nếu chứng cớ giống như thế cũng đòi phải có thì họ mới tin? Những tín hữu ở tương lai, Chúa nói, phải chấp nhận sự thật về Sự Sống Lại qua lời chứng của những người đã sống với Chúa. Chúa của chúng ta, bởi thế, đã hình dung ra đức tin của các tín hữu sau thời các thánh Tông Đồ, lúc mà không còn nhân chứng sống nữa; nhưng đức tin của họ vẫn có nền tảng bởi vì chính các Tông Đồ đã nhìn thấy Đức Kitô Phục Sinh. Họ đã nhìn thấy các tín hữu có thể tin mà không cần phải thấy, vì tin nhờ lời chứng của họ. Các Tông Đồ là những người hạnh phúc, không phải vì họ đã nhìn thấy Chúa và đã tin. Họ còn hạnh phúc hơn nữa khi họ hoàn toàn hiểu mầu nhiệm Cứu Chuộc và đã sống mầu nhiệm ấy, và còn bị cắt cổ vì Sự Sống Lại nữa. Tuy nhiên vẫn phải có một sự biết ơn dành cho Tôma, người đã chạm vào Đức Kitô như một con người, nhưng đã tin vào Người như Thiên Chúa.